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南京大學軟件學院是國家計委和教育部2002年批準設立的國家級示范性軟件學院。學院全日制學生的教學區地處學校浦口校區對面的國家級南京高新技術產業開發區，學生食宿在學校浦口校區。學院在職軟件工程碩士（MSE）教學中心設在學校鼓樓校區。現有在校本科生760余人研究生250余人。南京大學軟件學院是我國高層次、復合型軟件實用人才的重要培養基地，學院依托南京大學計算機軟件新技術國家重點實驗室和計算機軟件與理論國家重點學科在科學研究上的優勢，依托南京高新區在資金、政策和產業上的優勢，積極進行軟件工程技術項目研發和軟件工程教育，為促進我國軟件產業發展培養具有國際競爭能力的高級應用型軟件人才。軟件學院現設有軟件工程系、信息系統工程系、嵌入式技術系等三個系，開設軟件工程本科專業，軟件工程領域工程碩士專業，應用軟件工程碩士專業，系統分析與集成碩士專業，應用軟件工程博士專業。同時還設有（教育部/科技部）國家級Linux技術培訓與推廣中心、Cisco網絡技術學院、IBM Linux人才培養中心、國家軟件人才國際培訓(南京)基地。學院形成了面向軟件生產、面向軟件服務等兩類應用型軟件人才的培養體系，開展系統分析與軟件設計、軟件過程與管理、數據庫與信息系統工程、網絡通信與多媒體技術、嵌入式軟件技術等專門化方向的人才培養工作。